Aprobada la LOGSE en 1993 se publica el Reglamento Orgánico de los Centros en el que se estipula que aquellos institutos de bachillerato y formación profesional que pasen a impartir la Educación Secundaria que contempla la LOGSE pasarán a denominarse Institutos de Educación Secundaria, desde ese momento arranca nuestro centro como instituto de educación secundaria. Sin embargo habría que esperar hasta el curso 1998/99 para que se iniciara las enseñanzas LOGSE, momento en que se implantó 3º de Educación Secundaria Obligatoria. Un curso antes, es decir el de 1997/98, habían comenzado a extinguirse la Formación Profesional de la Ley General de Educación con la desaparición de 1º de FPI.Desde ese momento y hasta el curso 2001/2002 convivieron en el centro unas y otras enseñanzas.
A la implantación progresiva de la ESO y posteriormente del Bachillerato se simultaneaba la desaparición de la Formación Profesional. En este mismo proceso iniciaban su andadura los Ciclos Formativos de Formación Profesional Específica; en el curso 1999/00 se iniciaba el Ciclo Formativo de Grado Medio de "Electromecánica de Vehículos", en el 2000/01 el de "Equipos Electrónicos de Consumo" y, en el curso 2001/02 el Ciclo Formativo de Grado Superior de "Sistemas de Telecomunicación e Informáticos". El último ciclo formativo incorporado ha sido el de grado superior "Eficiencia Energética y Energía Solar Térmica" de la familia "Energía y Agua". Hay que indicar que todos nacieron con la LOGSE y han ido adaptándose a la LOMCE.
Durante el curso 2002/03 la transición ha concluido con la incorporación del alumnado del 1er Ciclo de la ESO. Efectivamente el IES EMÉRITA AUGUSTA imparte la Educación Secundaria Obligatoria, los bachilleratos de las modalidades de Tecnología, Ciencias de la Naturaleza y de la Salud y de Humanidades y Ciencias Sociales, además de los Ciclos Formativos referidos anteriormente.
Culminado con éxito este proceso de transición, desde el IES EMÉRITA AUGUSTA afrontamos con optimismo los cambios que supondrá la aplicación de la Ley Orgánica de la Calidad de la Enseñanza. 
Nos hemos referido a la nuestra historia reciente, pero nuestro instituto goza de una larga y prolífica historia. Una fecha clave fue el 10 de agosto de 1985; ese día el Boletín Oficial del Estado publica la orden por la que nuestro centro pasaba a denominarse oficialmente “Emérita Augusta”, Instituto de Formación Profesional Emérita Augusta. Porque hasta nuestra historia más reciente nuestro centro dedicó sus esfuerzos a la formación profesional.En 1946, y al amparo del Estatuto de Formación Profesional de 1928, inicia su andadura como Escuela Elemental de Trabajo.En 1955 se promulga la Ley Orgánica de Formación Profesional Industrial que junto con el Plan de Estudios de 1958 transforma profundamente el panorama de la formación profesional, estableciendo dos periodos diferenciados: el Aprendizaje Industrial y la Maestría Industrial. Al primero se accedía al terminar la enseñanza básica, cumplidos los 14 años y, tras una duración de tres años, se obtenía el título de Oficial Industrial. Tras obtener este título se podía acceder a cursar Maestría Industrial con dos años de duración. Por aquel entonces el centro se hallaba ubicado en la calle Pizarro, donde hoy día se encuentra el Centro de Profesores y Recursos. 
Las enseñanzas de Aprendizaje que se imparten son: Rama del Metal Sección Mecánica: Ajustador, Tornero y FresadorRama de Electricidad: Instalador-montador y Bobinador-Montador Rama de la Madera: Ebanista-carpintero Rama de Automovilismo: Mecánico del Automóvil y Electricista del Automóvil Rama de Electrónica: Electrónico Se iniciaban ya, como podemos ver, las familias profesionales de Automoción y Electrónica y que, sin interrupción, continúan en la actualidad. En 1970 cambia radicalmente la situación con la aprobación de la Ley General de Educación. El proceso de industrialización experimento por España durante la década de los 60 demanda una clase trabajador mejor cualificada. A partir de este momento la Formación Profesional se estructura en dos niveles:
· Formación Profesional de Primer Grado. Se accede con 14 años, tiene dos curso de duración y se obtiene el Título de Técnico Auxiliar.
· Formación Profesional de Segundo Grado. Se accede directamente tras superar la FP I y tenía tres cursos de duración. También se podía acceder con el Titulo de Bachiller, en cuyo caso, se accedía directamente a 2º de FP II.
En ambos casos se obtenía el Titulo de Técnico Especialista. Durante la década de los 70 se produce la transición entre ambas enseñanzas. De acuerdo al nuevo régimen de enseñanzas, a partir del curso 1975/76 pasará a denominarse Centro Nacional de Formación Profesional de Primer y Segundo Grado de Mérida, sustituyendo a la denominación anterior de Escuela Oficial de Maestría Industrial.
A finales de la década de los 70 tiene lugar otra circunstancia que marcará un cambio sustancial en la vida del centro, nos referimos a su traslado al edificio actual, lo que por aquel entonces era el Colegio 
Covadonga adquirido por el Ministerio de Educación. Desde el curso 1976/77 las clases teóricas se imparten en el nuevo edificio, el colegio Covadonga no lo había desalojado en su totalidad, mientras que los talleres continúa instalados en el edificio de la calle Pizarro.
Por fin desde el curso 1979/80 se completa el traslado impartiéndose la totalidad de las enseñanzas en el edificio actual.La década de los 80 redefine las ramas impartidas desapareciendo la rama del Metal y posteriormente a principios de los 90 la Especialidad de Instalaciones y Líneas Eléctricas. 
Por el contrario la Rama Administrativa y Comercial se convierte en la más demandada por el alumnado. Así con la impartición de las enseñanzas de Automoción, Electrónica, Administrativo e Informática continúa su discurrir el centro hasta convertirse en el actual.